Начнем моделирование кубика Рубика с создания примитива ChamferBox (куб с фаской).

На панели Modify зададим размеры куба и число ребер фаски.

Теперь используем массив для создания остальных 26 кубиков. Выделяем созданный кубик, переходим в Tools -> Array, выставляем настройки как показано на рисунке и жмем ОК. Т.о. мы создали двумерный массив по одной оси из 3-х элементов.

Продолжаем использовать Array для построения двумерного построения кубиков.

Ну и наконец создаем трехмерную структуру.

Должно выглядеть как на рисунке.

Теперь создадим наклейки на кубики. Для этого создаем сплайн Rectangle (прямоугольник).

Размеры прямоугольника и фаску устанавливаем как на рисунке.

Следом добавляем модификатор Extrude (Выдавливание). Величину выдавливания выставляем 0,02 см.

Созданную наклейку поворачиваем на 90 градусов.

Далее выделяем наклейку и переходим в Tools -> Align.

Щелкаем левой клавишей мыши по нижнему левому кубику. Появляется окно Align Selection. Выставляем настройки для выравнивания по оси Y. 

Наклейка будет размещаться на поверхности кубика.

Выровненную наклейку копируем с зажатым Shift по оси X, ставим 2 копии.

Продолжаем копировать, только уже по три штуки сразу.

Выделяем все 9 наклеек, переходим в Group -> Group. Таким образом, создаем группу из 9 объектов.

Копируем эту группу и размещаем на поверхности кубиков, используя Align.

В конце должно получиться вроде такого. Остается только добавить свет, материалы и визуализировать.